Willy Honegger wurde 1954 in Wattwil/SG geboren und wuchs in Uznach auf. Seine Gymnasialzeit schloss er mit der staatlichen Maturitätsprüfung an der Kantonsschule Schwyz ab. In seinen Jugendjahren und während der Gymnasialzeit beschäftigte er sich vorwiegend mit Pop- und Jazzmusik. Seine musikalische Ausbildung erfolgte an der Hochschule für Musik in Zürich, welche er mit drei Diplomen abschloss: Lehrdiplom für Klarinette, Dirigentendiplom und Diplom Schulmusik II (Gymnasiallehrer für Musik).
Als Musikpädagoge unterrichtete Willy Honegger an verschiedenen Gymnasien und engagierte sich als Klarinetten- und Saxophonlehrer an diversen Musikschulen. In den vergangenen 30 Jahren leitete er verschiedene Orchesterformationen mit grossem Erfolg. 1993 gewann er mit eigenen Arrangements für ein Grossorchester von 120 Mitgliedern und deren Leitung einen Fernsehpreis. Die kreative Seite in seinem Beruf konnte er als Komponist für Filmmusik (Hessischer Rundfunk, Frankfurt) und mit der Schaffung vieler Arrangements für die unterschiedlichsten Musikformationen ausleben. Für die Filmmusikaufnahmen leitete er Mitglieder des bayrischen Staatsorchesters München und des Augsburger Stadtorchesters.
Die Arbeit im eigenen Studio und das Editieren von Noten führte ihn mit Peter G. Rebeiz (Studio Balikfarm, Ebersol) zusammen. Mit ihm begann 1999 eine enge, freundschaftliche und kreative Zusammenarbeit im Bereich Crossover Projekte und Arrangements für Sinfonieorchester. Es folgten weitere Aufträge unter anderem für das Berner Sinfonieorchester und im Crossover – Bereich für Pippo Pollina.
Von Juli 2000 bis August 2016 war Willy Honegger Direktor der Musikschule Freienbach mit 40 Lehrpersonen und 1300 Schülern. Er wirkte als Klarinettist in verschiedenen Trioformationen. Seine Tätigkeit als Dirigent, Arrangeur und Komponist führten ihn in den vergangenen Jahren nach London (London Session Orchestra und Royal Philharmonic Orchestra, Abbey Road Studios), nach Parma und Bologna (Orchestra di Parma), Stuttgart (Südwestfunk Orchester), Kaiserslautern (Theaterorchester), Genf (Victoria Hall) und Verona (Arena).